رغم الدور الذي تقوم به منظمات حقوق الإنسان في حياة الإنسان المصري إلا أنها في نفس الوقت تواجه تحديات. ففي الفترة الأخيرة بدأت حملة مداهمات لعدد من مقار منظمات المجتمع المدني صاحبها جدل إعلامي حول التمويل الأجنبي.