Sarah a retrouvé sa fille, Kira. Helena, elle, a été enlevée en présence de Siobhan et Paul. Les filles du projet Leda sont pourchassées par les clones masculins du projet Castor. Sarah apprend alors que Helena, enceinte, a été livrée par Siobhan à l'armée. Plus que jamais, la vie des jeunes femmes semble menacée par un odieux complot. Des rebondissements en série pour cette troisième saison qui, outre les clones féminins, s'intéresse également à des clones masculins. A noter la formidable prestation de Tatiana Maslany, qui, grâce à sa solide expérience en théâtre d'improvisation, arrive à donner vie et densité à tous les clones féminins.