La flèche Saint-Michel porte les stigmates de la Seconde Guerre mondiale. Des éclats d'obus sont toujours visibles sur la partie médiane de la tour-clocher, suite au bombardement de la ville de Bordeaux par l'armée allemande lors de la nuit du 19 au 20 juin 1940, deux jours avant l'Armistice franco-allemande. A ce moment, le gouvernement français s'était réfugié dans la capitale girondine suite à l'invasion de Paris. Dans une manœuvre d'intimidation sans pareille, la Wehrmacht a quadrillé Bordeaux avec plus de 60 bombes, faisant au moins 63 morts selon le bilan officiel.
